Ah! My Goddess 2000 Movie-Story

在學於貓實工科大學並參加汽車社團的森里螢一(Morisato Keiichi)是一個非常普通的大學生。只有一點不同的是，他和三位美麗的姊妹們-蓓兒丹蒂(Belldandy)，兀兒德(Urd)和詩寇蒂

(Skuld)在一間住持多年前出遊後行蹤不明的寺院-他力本願寺裡一同生活了多年。而且這三姊妹是不折不扣的女神們。最初出現的是二姊-女神蓓兒丹蒂。她突然的出現在螢一面前並對他說：「我為了實現你的願望而來到你身邊。但是你只能許一個願。」螢一毫不考慮的回答：「我希望像你一樣的女神永遠留在我的身邊」。螢一的願望是和三姊妹共同生活的開始。

迎接春天的4月，貓實工科大學迎新的季節也來臨了。屬於汽車社團的螢一和蓓兒丹蒂這一對也天天忙於招募新社員的活動。在大學的汽車社團活動室前，由汽車社團團長長也是螢一的學妹-谷川空(Hasegawa Sora)擔任司儀的迎新活動開始了。聚齊排在活動室前的出色(？)的各型汽車中，最受注目的是螢一和蓓兒丹蒂所駕駛的付邊座摩扥車-Racing Niler。新生們深深地被從邊座下車脫下安全帽後的蓓兒丹蒂的美貌所吸引。新申請加入社團成員第1號是具有不可思議魅力的美少女摩根(Morgan)。新生們看到溫柔美麗的蓓兒丹蒂和美少女摩根後急著搶先加入社團。但是在一陣混亂中社團的長老田宮學長(Tanimya Senbai)和大瀧學長(Ohtaki Senpai)兩位一陣鬧場後,使得本來排長龍要加入社團的人都跑光,只剩下包含摩根的4個人。藤見千尋(Fujimi Chiharu)學長怪罪田宮和大瀧的不是。但是蓓兒丹蒂溫柔的替兩位說情：「如果不是他們兩位的努力,留下來加入社團的人不會是真正愛汽車的人。」而使得事情得以圓滿解決。迎新活動結束之後在活動室裡大開迎新大會。

會中，喝醉的長谷川用曖昧的方式直逼螢一，而螢一的妹妹惠(Megumi)又火上加油的在旁煽動。那曖昧的氣傳到著正在唱卡拉OK的蓓兒丹蒂，突然地,酒瓶和玻璃紛紛破碎。被莫名的心悸煽動而不自覺的使出魔法的蓓兒丹蒂感到不好意思的跑出活動室。而螢一也為了追回蓓兒丹蒂來到深夜無人的校園中。

在那同時，兀兒德接到在天上界的友人歐珮絲(Peorth)的情報。本來應該永遠被封閉在月中監牢的男犯人不知受到誰的幫忙而脫獄了。擔心蓓兒丹蒂的兀兒德趕到校園一看，校園中的人影除了蓓兒丹蒂和螢一以外，還有另一位男子的身影...

那位男子是瑟理斯汀(Celestin)，自稱是來迎接蓓兒丹蒂，且是她在天界時的恩師。站在一旁的螢一被這突然的訪客弄得不知該如何反應。但知道瑟理斯汀過去的兀兒德激動地責備瑟理斯汀並命令他離開。可是，瑟理斯汀悠然自得的抱緊蓓兒丹蒂並吻了她。瑟理斯汀留下在那一吻後失去力量的蓓兒丹蒂離開。

臨走前他對螢一留下了充滿謎題的一句話：「我知道你非常珍惜她。但是我想再試一次，選擇哪條路的權利，在於蓓兒丹蒂。」

那時天界發生了巨變。不知是誰侵入了天界的系統並送出病毒干擾系統。

被瑟理斯汀的一吻而昏迷的蓓兒丹蒂，過了一陣子醒來了。但她醒來的第一句話是：「我是女神事務所的蓓兒丹蒂，我為了實現你的願望而來到你身邊。但是你只能許一個願。」。
蓓兒丹蒂腦海中所有有關螢一的記憶都被消除了！

天界的異變狀況變得更加嚴重。為了消除病毒必須切斷天界和地界的連線。如此之下，不但不能將蓓兒丹蒂帶回天界治療，兀兒德們還不能借天界的力量而必須靠自己來解決事情。這一切的犯人是瑟理斯汀嗎？但是他的目的何在？

瑟理斯汀曾有他自己的野心。他想阻擾天界和地界的融合並破壞神所創造的系統。同時要求蓓兒丹蒂加入他的計劃。計劃洩漏後，屬於上級神且擔任蓓兒丹蒂家庭教師的瑟理斯汀被天上評議會烙印反叛者之名並封閉在月中監牢裡。

神們命令兀兒德對蓓兒丹蒂投下封印在蓓兒丹蒂腦海裡有關瑟理斯汀記憶的藥。但兀兒德不想加深蓓兒丹蒂痛苦試著反擊瑟理斯汀。詩寇蒂和摩根也加入戰鬥使得戰役越趨激烈。甚至連堅信「就算是普通人類也有他能做的事」的螢一都加入戰鬥而受傷。蓓兒丹蒂深深地懊悔著因為自己的錯而使大家受害。「大家，為了生存...努力於自我的成長而綻放著生命的光芒。就算身體將老去但是其中的歡喜...悲傷使得大家互敬互愛的走過一生。我在地界看到了許多這樣的光芒。」在地上界的生活使蓓兒丹蒂充分的了解到生物對生命的愛。她對於高傲的瑟理斯汀過於性急的做法越來越感到困擾混亂。加上偶然看到摩根對螢一下的陷阱後，更加不知如何是好。

蓓兒丹蒂的混亂狀況越趨嚴重,也使侵入她體內的病毒更為活躍而不斷的複製更多的病毒。再這樣下去,情況會不可收拾。見到情況日益嚴重的佩奧絲決定對蓓兒丹蒂下病毒疫苗。成功的機率很低，如果失敗的話不僅對螢一的記憶完全消失且所有的記憶都會抹消。但蓓兒丹蒂不顧周圍的反對決定接受疫苗的注入。

「就算成功率很低，只要能找回真正的自己...」了解蓓兒丹蒂堅定決心的螢一對她說：「就算有關我倆的回憶都消失...就算我們被迫必須分隔兩地...只要我們能再相見我會再試一次的...不管多少次...花多少年...」

對蓓兒丹蒂的疫苗注射準備工作開始了。正當發現了病毒實體，並要注射到所有資訊被分解的蓓兒丹蒂身上時...發生了更驚人的變化。
到此為止的事件只不過是瑟理斯汀野心的序幕而已。
到這時候才了解到瑟理斯汀的最終目的...
難道光憑天上的力量已無法解決了嗎？

而蓓兒丹蒂呢？螢一該怎麼辦呢？

「螢一說過的，不到最後關頭絕不能放棄。」

「就算我須與神為敵...我會永遠保護你的。」